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Sequenziato il genoma del batterio killer

Un team di ricercatori di tutto il mondo ha sequenziato il genoma del ceppo di Escherichia coli responsabile del focolaio epidemico che negli scorsi mesi ha causato più di 50 morti in Europa. Tutti i dati sono stati pubblicati sul prestigioso New England Journal of Medicine.

I ricercatori, coordinati da David A. Rasko dell’University of Maryland School of Medicine, hanno utilizzato la nuovissima tecnologia Single Molecule Real Time dell’azienda Pacific Biosciences of California Inc. per sequenziale il genoma del ceppo batterico e l’hanno poi analizzato utilizzando sofisticati tool computazionali. È emerso che si tratta di un’insolita combinazione tra un ceppo enteroaggregativo di Escherichia coli e uno enteroemorragico. La virulenza è elevata, e sono presenti numerosi fattori di resistenza agli antibiotici. “In una prima fase dell’emergenza, alcuni esperti hanno definito questo ceppo batterico ‘ibrido’, ma non è esattamente così”, spiega Rasko. “Non è un vero ceppo ibrido perché contiene solo una minima porzione di sequenza di DNA proveniente da ceppi enteroemorragici: si tratta di combinazioni che in passato era molto raro osservare, ma che secondo me vedremo sempre più spesso in futuro”.

Ma questa ricerca è stata anche e soprattutto l’occasione per implementare un nuovo modello sperimentale basato sulla collaborazione internazionale in tempi brevissimi: “È la prima volta che assistiamo a un’analisi davvero ‘open source’ di un genoma, di solito i ricercatori lavorano in un relativo isolamento. Si è trattato di una collaborazione internazionale messa su in pochi giorni: mi auguro di vederne molte altre per affrontare i nuovi patogeni emergenti in futuro. Ci sono voluti anni e milioni di dollari per sequenziale il primo genoma di Escherichia coli, ora sono passati pochi mesi ed eccoci qua, con uno studio già pubblicato”.

Fonte: Rasko DA, Webster DR, Sahk JW, Bashir A, Boisen N et al. Origins of the E. coli Strain Causing an Outbreak of Hemolytic–Uremic Syndrome in Germany. N Engl J Med 2011; doi: 10.1056/NEJMoa1106920.

david frati

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